复旦大学实验动物科学部的前身是创建于1953年的上海第一医学院动物供应室，1960年动物供应室升为动物供应科。1982年10月，经有关部门批准，上海第一医学院在国内高等医学院校中第一个成立实验动物部（处级部门），开创了国内高校实验动物体制改革的先河。复旦大学和原上海医科大学两校合并后，于2000年4月改称为实验动物科学部，隶属学校直属部门。

动物部目前拥有符合国家标准的实验动物设施，均为正压1万级完全屏障系统，开展清洁级及以上实验动物生产和动物实验服务。2018年完成在美国NIH的注册更新，有利于复旦大学进行国际合作研究。学校自2018年起分3年投入1.3亿对现有的三栋实验动物设施进行现代化改造，改造后总容量达到3万笼位。同期还投入6000万配套建设高水平的动物实验服务平台，包括实验动物质量控制、基因操作、净化保种、生化血液检测、小动物行为检测、小动物影像辐照。迄今共获教育部科技进步二等奖1项、发明专利5项，主编出版学术专著4部、部颁教材1部、培训教材1部，出版复旦大学研究生重点课程建设教材1部。

动物部1986年开始招收硕士研究生，是国内高等院校中第一个实验动物学硕士研究生学位授权点。近年来，动物部不断强化公共服务与教学科研相融合，坚持人才引进与培养并举，大力推进高层次人才队伍建设，期望拥有一支高精尖的创新人才队伍，为复旦医学、生物学和药学等学科的持续快速发展做出贡献。动物部现有教职工23人，部门聘用职工45人。其中正高级职称2人、副高级职称4人，有博士研究生指导教师3人，其中国家杰出青年基金获得者1人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”1人。在读硕士研究生10人，博士研究生2人。动物部研究人员在实验动物科学研究中均取得了一批原创性重大科研成果，原创性论文发表在Nature、Nature Communications、Cell Reports、Cell Research、Neuron等刊物上。

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