复旦大学上海医学院创办于1927年，首任院长是颜福庆博士。学院时名国立第四中山大学医学院，是中国人创办的第一所国立大学医学院。院训“正谊明道”出自《汉书·董仲舒传》：正其谊不谋其利，明其道不计其功。学院1932年独立为国立上海医学院，1939年起因抗战先后内迁至昆明与重庆，1946年迁回上海。解放后，学院于1952年更名为上海第一医学院，1959年入选全国首批16所重点高校，1985年更名为上海医科大学。2000年，上海医科大学和复旦大学合并组成新的复旦大学。2012年机构调整后，上海医学院作为复旦大学党政的派出机构，根据学校授权，在大医口人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面行使相对独立的管理权限。2017年，中共复旦大学上海医学院工作委员会成立。2018年12月，教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府正式签约，共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院。2019年6月14日，学院领导班子宣布，复旦大学上海医学院高水平地方高校试点建设正式启动。

复旦大学上海医学院现有十个院所和十余家直属、非直属附属医院或其分院，共有有专任教师713人、专职科研人员153人，其中包括中国科学院院士9人、中国工程院院士5人、国家级高层次人才200余人、国家级青年人才100余人。截至2021年底，在校博士研究生3477人，硕士研究生3338人。

复旦大学上海医学院设有9个可授予博士学位的一级学科和8个博士后科研流动站。基础医学、临床医学、药学、中西医结合入选首轮国家“双一流”建设学科，基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合入选上海高峰学科建设计划。学院设有国家老年疾病临床医学研究中心、国家放射与治疗临床医学研究中心和国家儿童医学中心（上海）、国家神经疾病医学中心、国家传染病医学中心，医学神经生物学国家重点实验室，医学分子病毒学、代谢分子医学、智能化递药、公共卫生安全、癌变与侵袭原理等教育部重点实验室，脑科学教育部前沿科学中心，糖复合物、抗生素临床药理、手功能重建、卫生技术评估、医学分子病毒学、听觉医学、近视眼、病毒性心脏病、新生儿疾病等国家卫健委（卫生部）重点实验室，以及周围神经显微外科、医学图像处理与计算机辅助技术、器官移植、女性生殖内分泌相关疾病、肾脏疾病与血液净化、视觉损害与重建、乳腺肿瘤、出生缺陷防治、老年医学临床、学表观遗传学、肺部炎症与损伤、脑功能重塑及神经再生、传染病与生物安全应急响应、放射肿瘤学等上海市重点实验室。