复旦大学基础医学院前身为上海第一医学院基础医学部，建于1955年4月，后更名为上海医科大学基础医学院。2000 年4月，上海医科大学和复旦大学强强联合组建新的复旦大学。2001年7月，撤销复旦大学基础医学院建制，组建复旦大学医学院。2012年9月，恢复复旦大学基础医学院建制。

复旦大学基础医学院以二级学科为基本单位，下设12个系，8个研究中心，2个教育部、2个卫健委重点实验室及1个上海市重点实验室；2007年入选首批国家一级重点学科，2008年教育部一级学科评估中并列全国第一，2012年入选上海高校一流学科（A类）建设计划，2015年入选上海市“高峰学科”，2017年入选国家“双一流”建设学科名单。2018年进入上海市高水平地方高校建设项目名单。2019年入选“国家一流专业建设点”，2020年基础医学专业入选拔尖计划2.0培养基地和首批“强基计划”试点专业，2022年蝉联国家第二轮“双一流”学科建设名单。

基础医学院历来以“师资雄厚、基础扎实”而著称，是我国最早开展基础医学本科教学、研究生教育的单位，也是国内首批一级学科博士学位授予点和博士后流动站。学院现有教职工322名，其中院士3名，教育部长江特聘教授等高层次人才近50人次。学院现设有本科生专业2个，博士后流动站3个，一级学科博士点6个，二级学科博士点16个，硕士点16个。作为国内首批“国家理科基础科学研究和教学人才培养基地”，学院为全国各地培养了一大批基础医学优秀师资和学术带头人。学院教师主编大型参考书、全国医学教材20余部，并多次荣获国家图书奖。现有国家级精品课程4门，上海市精品课程14门，国家级教学团队1个。国家级教学成果奖2项，上海市教学成果奖5项。作为主编或副主编，编写国家级规划教材12部。

在科学研究方面，近五年，累计获得科研经费7.64亿元。牵头承担国家重点研发计划和国家中长期重大专项10项，作为课题或者任务参加国家重点研发计划24项和国家中长期重大专项20项，承担国家自然科学基金委重点项目和重大研究计划19项，发表CNS论文3篇，一区论文201篇，获上海市科学技术奖自然科学奖一等奖1项、上海市科学技术奖科技进步一等奖/二等奖各1项、高等学校科研研究优秀成果一等奖/二等奖各1项，上海医学科技奖一等奖和二等奖各1项，中华医学科技三等奖1项。申请专利171个，专利转让2500万元。

复旦大学基础医学院将继续秉承以学科建设为基，队伍建设为本，坚持“领袖气质、国际视野、人文情怀、科研素养”的人才培养目标，进一步夯实基础、砥砺奋进，引领和推进我国基础医学教育的新发展。

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